Для того чтобы сравнивать данные, вам нужно привести их к общему виду.
В вашем случае это не точки а связный двунаправленный граф, где вершины - города, а ветви - дороги. Соответственно вы ваши загружаемые точки должны привести к этому же вижу - подграфу, сначала поиском точек (вычисляя расстояние между искомой точкой и точкой города, определив минимальное).
Если это критично, так же можете попытаться искать попадание точек на дороги (но это в общем случае невозможно, дороги ведь в реальности не прямые, а в базе у вас только точки городов).
И само собой, точки в вашем запросе как то должны быть связаны, направление движения или хотя бы через ближайшие, чтобы вы могли различать из какого города и куда вы двигаетесь.
получив граф, вы легко определите, совпадает ли он с подграфом из базы, и конечно продумайте как будете разруливать ситуации, когда точек в базе нет.