Хорошее из решений, если у вас nodejs backend.. :
Поддерживаю все ранее данные ответы по поводу гита, но -> Заведите приватный репозиторий в битбаките. Заведите файл .gitignore ( там обязательно пропишите node_modules).
Далее ->
Посмотрите в сторону pm2, это менеджер бесперебойной работы приложения. Найдите туториал для настройки pm2 в вашем проекте, обязательно установите плагин pm2-auto-pull и настройте аналитику вашего сервера (при помощи keymetrics - это настраивается через консоль при помощи того же pm2*) Всё это делается через консоль (Поищите приличный туториал).
После того, как проект будет в битбакете и там будет pm2 и pm2-auto-pull можно на сервере склонировать ваш репозиторий, поднять pm2 и плагин для автодеплоя с битбакета. И теперь ваш сервер может сам стучать на гит и обновляться с ветки (например master).
Либо склонируйте бэк на сервер и когда нужно обновляйте его в ручную, тоже норм вариант.
На сервере стоит иметь ноду ту же, что у вас в локальном окружении (чтобы уж точно без ошибок запускать проект)
Как то так.