В компании где я работаю была точно такая же задача. Было несколько десятков клиентов для каждого из которых надо было развернуть большое приложения с почти десятком микросервисов.
В результате 3 лет работы мы создали проект
unifie.cloud который заточен именно на решение задачи деплоя и поддержания множества приложений с похожей но немного разной конфигурацией в нескольких Kubernetes кластерах.