Я думаю, что отправка этого сообщения стоит по завершению создания пользователя, подтвержден ли при этом email или нет в этом случае не важно.
Ну и по логике, реально пользователь то создался. А потом отправили подтверждение. У меня клиенты просто эти письма делают под свои нужны, мол "Рады приветствовать, бла-бла-бла", вон даже у Тостера такая же отвика пришла на почту при регистрации.