cp ./* ../clones/NAME
скопирует все файлы в из рабочей директории (это либо там где запустился скрипт, либо директория в последней команде cd)
на каждую поддиректорию в рабочей директории выведет инфо-сообщение cp: не указан -r; пропускается каталог './траляля'
ну и cp -r ./* ../clones/NAME
скопирует файлы рабочей директории а также обойдет все поддиректории и скопирует их содержимое - в общем все что есть.