Adamos, тут скорее проблема в том что lumen задает свой error_reporting который выбрасывает исключение на E_NOTICE, на обычных страницах никаких проблем нет
Alexey Bille, я бы предположил, что проблема не в том, что выдается предупреждение, а в том, почему оно выдается. Похоже, фреймворк уверен, что в сессии должны быть эти данные, а их нет.
Перенеси require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] . "/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php"); в файлик /bootstrap/app.php перед роутингом, и все заработает.