Делаю проект, полностью на ajax'е ( подгружается область контента, шапка и тапки не меняются ) со статичными страницами проблем то нет, .htaccess отрабатывает и кидает на 404.html, но как быть с динамическими страницами ??? в случае несуществующего ID отдавать в заголовке 404 и переадресовывать на 404.html ?
Создайте одну точку входа на сайт.
Тогда у вас все запросу будет идти, к примеру, через index.php.
В скрипте проверяйте url. Если он есть у вас на сайте - отдавайте контент.
Если нет - отдавайте данные для 404.
На клиенте js должен обрабатывать ответ с данными для 404.