написать свой delete, с блэкджеком и куртизанками
если посмотреть исходники в плане удаления свойств, то там что-то странное происходит, select, update зачем-то
bxapi.ru/src/?module_id=iblock&name=CIBlockElement...
по сути это просто записи в куче разных таблиц, судя по исходникам, удаляется не только элемент, но и его вариации, если используется документооборот
ну и ручками
DELETE FROM и куча таких таблиц
проблема только в том, что не сработают события, и останутся файлы в /upload
события может и нафиг не нужны, раз нужно кучу всего удалить, а вот файлы по хорошему бы удалить перед удалением элементов, если они есть и их много