А не должен? То что Вы подключили какой-то бандл, не значит, что что остальное перестало работать.
Вот например если бы Вы хотели jquery отключить:
'assetManager' => [
'yii\web\JqueryAsset' => false
]
Я так понимаю, что первый же виджет activeForm тянет свой assets, а так как он понятия не имеет, что Вы там что-то сжимали, то подключает все скрипты с зависимостями (jquery и boostrap в том числе, вероятнее всего). Ну плюс Вы все это еще и в сжатом виде подключили.
Хотя я не знаю что там Вас в
assets-prod.php