Это смотря, какой результат должен быть при клике на кнопку "фильтр". Если фильтр просто разворачивается вне хедера, то сделать кнопку в шапке и контролировать видимость кнопки медиа-запросами, а дальше по клику контролировать видимость фильтра, там где он физически есть. Если фильтр должен разворачиваться в хедере, то с кнопкой та же фигня, а вот для самого фильтра
appendChild или insertBefore вам в помощь