обычная ситуация, но большие проблемы) проблему замечаю только на мобилах на ios.
https://codepen.io/anon/pen/mKYKqJ простенький пример. здесь уже открытый попап, чтоб сразу было видно проблему. когда попап доскролливаешь вниз, начинает скроллится вся страница.
задать боди высоту 100% и overflow: hidden раньше работало, сейчас не работает почему-то.
важное поведение: нельзя чтобы при открытии попапа задний фон прыгал, т.е. решение прописывать position: fixed для боди не подходит.
пробовал вариант такой: сделать чтобы скролл был не на body, а в элементе с основным контентом, а попап положить за ним в доме, тогда при открытом попапе фон не скроллится, но при перезагрузке страницы скролл всегда становится сверху, т.е. не запоминается его положение, как в обычном поведении страниц.
если кто-то знает решение без js, прошу помочь) если совсем никак, то решение на js тоже подойдет