Прежде всего хочу заметить, что Spring Data - это просто надстройка над JPA, автоматически генерирующая репозитории. Под капотом тот же EntityManager. Который, кстати, на каждой выборке одной и той же записи из базы возвращает новый объект.
По сути же вопроса: JPA - это стандарт объектно-реляционного отображения, а MongoDB - это не реляционная СУБД. То есть JPA не нужен. Единственный смысл в его использовании вместе с MongoDB - это для разработки универсального слоя доступа к данным, позволяющего легко менять СУБД на лету. А Spring Data для таких задач подходит как нельзя лучше.