У CKEDITOR нет возможности изменять filebrowserImageUploadUrl динамически.
Наиболее простое решение:
$("#SiteName").change(function () {
setcookie('upload_site', $(this).val());
}).change();
А на стороне сервера получать значение upload_site из кукисов вместо получения его из GET['Site'] как сейчас.
На всякий случай, реализация setcookie
function setcookie(name, value, expires, path, domain, secure) {
expires instanceof Date ? expires = expires.toGMTString() : typeof(expires) == 'number' && (expires = (new Date(+(new Date) + expires * 1e3)).toGMTString());
var r = [name + "=" + escape(value)], s, i;
for(i in s = {expires: expires, path: path, domain: domain}){
s[i] && r.push(i + "=" + s[i]);
}
return secure && r.push("secure"), document.cookie = r.join(";"), true;
}