в документации четко английским по белому написано
Each subdocument has it's own remove method. For an array subdocument, this is equivalent to calling .pull() on the subdocument. For a single nested subdocument, remove() is equivalent to setting the subdocument to null.
parent.children.id(_id).remove();
но vscode да и webstorm выдает ошибку при билде (хотя в деве все работает ок): services.service.ts(104,41): error TS2339: Property 'id' does not exist on type '[IMetadata]'.
вот участок кода в котором ошибка
try {
await service.meta.id(metaId).remove();
}catch (error) {
throw new NotFoundException(error);
}