А как представлены ваши абзацы?
Я бы делал это на базе обычных компонентов коментариев основанных на форуме, но для этого абзац нужно как -то представить в виде объекта данных, чтобы у него появился некоторый id по которому можно бы было связывать с ним его ветку комментариев. Самый просто метод "в лоб" это хранить каждый абзац отдельно как элемент ИБ, но это жутко неудобно. Я бы делал так - пусть абзацы это просто абзацы (тег p) в html поля DETAIL_TEXT элемент ИБ, тогда, уже на клиенте, им можно присвоить с помощью js id основанном на id элемент ИБ и номер абазаца в тексте.
Записывал бы этот id в какой-нибудь атрибут data-paraid и опять же js бы добавлял ко все элементтом с атрибутом data-paraid возможность открыть popup c iframe, в котором был бы обычный компонент комментариев.
Как-то так, в общих чертах.
