вполне, просто у gulp для нотификации установлен какой-то notifier, который просто выводит сообщения.
По npm start вы, вероятнее всего, запускаете задачи, которые описаны, именно, в gulpfile.js. Короче, с вероятностью 99% - так и должно быть, это, наоборот, сделано для лучшего понимания в процессе работы.