PDO не пишет за тебя SQL. Он может выполнить только тот запрос, который ты сам смог написать. Поэтому фраза "PDO умеет как-то работать без LIMITа" не имеет смысла.
Так что сами запросы оставляй как есть.
Переделывать под ПДО имеет смысл всегда, если у тебя сейчас стандартный говнокод вида "у пети 2 яблока, а у васи 5": while mysql_fetch_array и вот это вот все.
Если тебе будут впаривать SQL_CALC_FOUND_ROWS - не ведись, это заведомо медленнее, чем count(*) и все равно 2 запроса.