Можно. В любом компоненте
доступны ссылки на корень, родителя и экземпляры вложенных компонентов. Так что зная, где находится экземпляр компонента с вашим isotope'ом относительно текущего экземпляра или корня, достучаться до него труда не составит.
Но не нужно. Лучше воспользуемся vuex.
В компоненте, из которого надо "получить доступ", вызываем мутацию, изменяющую значение выбранного фильтра, а в компоненте с isotope'ом устанавливаем наблюдение за этим значением, где и дёргаем
$refs.cpt.filter
.
Типа так.
Или, к чёрту
$refs
- можно оформить в хранилище геттер, представляющий отфильтрованные данные, и создавать элементы для isotope'а на их основе.
Как это может выглядеть.