В самом пограничном случае пропускная способность при longpolling будет ниже, чем при вебхуках, только из-за ресурсов на открытие "вторых коннектов" на отправку данных. Думаю, что при 1000 пользователей разница будет незаметна.
Что, на мой взгляд, будет заметно и потребует отдельных решений при longpolling, даже при минимальных нагрузках, - это минимизация задержки. Во-первых, надо выбрать стратегию поллинга. Во-вторых, как раз таки время на "вторые коннекты".