Если оставить id в строках, то можно вот так:
$result = array_combine(array_column($rows2, 'id'), $rows2);
Но если очень надо убрать:
$result = array_combine(array_column($rows2, 'id'), $rows2);
foreach (array_keys($result) as $id) {
unset($result[$id]['id']);
}