Не очень понятно, что значит использовать их вместе. Потенциально могу предположить, что могут быть уязвимости или баги, которые проявляются при использовании только одного компилятора c или с++. Самый тупой пример, чтобы понять, что при использовании разного компилятора программа может работать по-разному:
#include "stdio.h"
int main(int argc, char** argv)
{
if (sizeof('a') == sizeof(int))
printf("it is c\n");
else
printf("it is c++\n");
}