В том же условии, где у Вас происходит "скрытие"/"показ" нужных элементов - добавьте обнуление остальных. Выбирать их можно по условию (пример с jQuery)
$('.show-hide-elements').not('.current-show-hide-elements').val('');
Где show-hide-elements - у Всех (на Ваш вкус класс), а в условии not - перечислить текущие.
Либо, раз элементы скрываются - добавьте им disabled, если это не противоречит логике приложения.