Оу да, это фундаментальная проблема любого ORM-тула - инкаспулируя специфику хранения, они создают иллюзию простоты работы с РСУБД.
Это действительно работает на простых случаях (мало данных, мало запросов, простой домен). И это очень расслабляет разработчика.
Серьезная работа с БД никогда не может идти от ORM-тула, только от самой БД, а тут возникают индексы всех мастей, партиционирование и другие всякие хитрости оптимизации доступа/хранения.
Иллюзии дизайна, выстроенного от ORM, рушатся с грохотом, что приводит к задачам типа "все надо переделать!" Об этом и намекает автор, что мол, жизнь чуть сложнее, чем кажется.