В комплект студии входят батники для настройки переменных окружения. Запустите такой батник из комплекта VS2008, потом в открывшемся окне командной строки перейдите в каталог с boost и запустите его батник для сборки. BOOST должен будет собраться компилятором и стандартной библиотекой от VS2008.
Кирилл Жиляев, Да, похоже на то. Видимо 2013 студия прописала в глобальных переменных окружения свои пути. Скорее всего придется вручную разруливать.
Можно написать свой батник в котором будете обнулять переменные окружения студии и из него запускать сценарий из 2008 студии.
Чтоб определить какие переменные окружения нужно чистить запустите аналогичный сценарий от 2013 студии, дальше введите команду set, она напечатает все переменные окружения. Обнулять нужно переменные типа INCLUDE, LIB, LIBPATH, начинающиеся на VC и VS и WindowsSDK, возможно что-нибудь еще.
По идее в такой схеме после очистки переменных окружения сценарий от 2008 студии настроит их под свою версию.
Очищать переменные окружения так:
set "<имя переменной>="
Но если вы ставили 2008 после 2013, то может так оказаться, что у вас не установился WindowsSDK от 2008 студии - установщик нашел более позднюю версию и решил не устанавливать свою старую.
Другой вариант, менее муторный - поднять чистую виртуалку, поставить туда 2008 студию и собирать в виртуалке.