Доброе утро.
Это как посмотреть.
Можно делать и так и так.
Я бы сделал в двух миграциях. Но опять же, надо смотреть.
Допустим, Вы делаете модуль выбора стран и городов. То в этом случае будет уместно сделать в одной миграции всё. Если Вы делаете отдельно модули "статьи" и "комментарии", то в этом случае лучше сделать в отдельных файлах миграции.
стоит ли каждую таблицу создавать и удалять в отдельной миграции
Если Вы сделаете две миграции, то Вы не сможете удалить предыдущую миграцию не затронув последнюю.
Просто так работают миграции.