- MySql - отдельным образом, можно через docker-compose (или через docker swarm stack) потом собрать в одно. Про stateful надо только почитать предварительно и настроить volumes.
- Отдельный образ с кодом, туда установить php, возможно apache (или лучше nginx). Можно воспользоваться этим образом:
https://hub.docker.com/r/tutum/apache-php/ или любым похожим как базовым, если не хочется все самому устанавливать. Потом там описано как сделать, если кратко: этот образ в своём Dockerfile во `FROM` указываем, а потом уже туда насовываем своих php файлов через `COPY`/`ADD`. Собираем, пушим в регистри.
- Вывести порты, у MySQL локально, у apache/nginx наружу.
Конкретно по Вашему вопросу: mysql с dockerhub взять, свой образ (там уже в нем будет и php и apache/nginx) в локальный docker-registry сначала запушить, а потом оттуда забирать при деплое.
Можно MySQL на хост установить, как лучше - решайте сами, исходя из задачи.
