1. Консоли бывают разные даже в рамках одной операционной системы. И у каждой могут быть свои настройки. Общего ответа не существует.
2. В любом случае изменение прозрачности - это манипулирование самой консолью. С питон-кодом это никак не связано.
Максим, если есть желание поизвращаться, то можете погуглить, как из питона манипулировать реестром Windows и менять настройки прозрачности в реестре. Какой ключ редактировать, вы можете узнать из последних абзацов этой статьи: https://windowsnotes.ru/windows-10/obnovlennaya-ko...
Александр, Спасибо огроменное! Я уже думал о этом, но я думал что после изменения значения прозрачность поменяется у всех окон. Но я заметил там папку с моей программой, а значит для нее отдельные настройки.