Несомненно стоит для основных таблиц (которые используешь) написать модели, отношения, скоупы (если нужно). Ты потом себе скажешь огромное спасибо, когда в сотый раз написав выборку из 5-6 таблиц через жадную загрузку ни разу не углубляясь и не обновляя свою память в том какие отношения они имеют, как их джойнить и так далее.
Плюс, если ты используешь хороший инструмент, делай это хорошо. Потому что каждый Query Builder запрос вносит энтропии в твой проект, а от нее нужно избавляться сразу и на корню.
НО, Это мое Сугубо личное мнение, и оно нисколько не претендует на Абсолютную истину.