Если есть скрипты, которые работают по крону с базой данных - проверьте их. Включите slow_log и посмотрите медленные запросы, проанализируйте их через explain
Если нагрузки нет, то slow_log в 0.2 ничего не показывает... Кроны есть и их много, тоже думаю что где то там косяк.... Нагруженные узлы закинул в мемкеш пока полёт нормальный...