Допустим есть таблица users, созданная через миграцию, работа в данный момент ведется локально, в таблице уже есть некоторые данные, в дальнейшем нужно добавить/изменить столбец, как правильно это сделать? добавить новую миграцию, которая добавляет столбец? или есть какие-нибудь другие варианты? ибо если для каждого изменения в таблицах добавлять новую миграцию, то потом в них будет трудно разобраться
Так и только так. На каждую пачку изменений своя миграция.
Зачем в них разбираться? Они идут в хронологическом порядке, их только накатывают и обычно в старых миграциях особо не копаются.