Использовать надо ссылки относительно доменного имени. Т.е. указывать только uri: /files/css и.т.п., без указания протокола и домена. Конечно, никаких .. в uri быть не должно - должен быть путь от корня сайта, возможно, и виртуальный, и тогда средствами веб сервера или скрипта, надо раздавать нужные файлы по этому пути...