Mysqldump ведь вызывает обычные SQL команды. Вы можете написать свой дампящий скрипт, реализующий нужную вам логику. Рекомендую писать на каком нибудь питоне. Ну и самый главный вопрос- а че не устраивает 2 вызова дампа? Может быть проще будет решить эту проблему?
Как то так:
-- получаем список таблиц:
tables = sql(show tables;)
-- дампим структуру
for table in tables:
file.append(sql(show create table for {{table}};))
if table == 'my_table':
file.append(select_values_to_insert(sql(show create table for {{table}};)))