Во-первых, в advanced шаблоне frontend и backend это по сути независимые домены, и в каждой папке web есть свои css и js - и это логично. В админке и фронтенде обычно используются разные стили и разные js-скрипты.
Во-вторых, jquery в Yii2 и так подключается автоматически в админке и фронте.
В-третьих, подключение происходит в файлах AppAsset, если влом писать в двух местах подключение, можете сделать дополинтельный файл и инклюдить его в обоих AppAsset