Я, конечно, не разработчик, но думаю так: заменять нужно только отдельно стоящие (отбиваемые пробелами) дефис (-) и короткое тире (–), когда они ставятся автором топика с подразумеванием вместо них обычного тире (—), но не сплошным образом. Так, диапазоны дат (например, «2009–2013»), которые нужно по правилам писать через короткое тире и без отбития пробелами, тогда тоже окажутся написанными через тире (обычное, длинное).
Так что обычная сквозная замена, считаю, не лучший способ. Но решать, конечно, команде авторов и разработчиков сайта.
Или ещё можно перед публикацией запастить текст из ворда в
типограф, и уже оттуда вставлять оттипографленный текст в форму ввода текста новой статьи здесь на сайте.