var one = document.getElementById('one_block');
var two = document.getElementById('two_block');
if (one.offsetHeight != two.offsetHeight ) {
one.style.height = two.offsetHeight + 'px';
};
Crushing, высота элемента с учетом вертикальных полей и границ в пикселях. Свойство неизменяемое, только для чтения. Возвращаемое значение - целочисленное.
one.style.height наоборот, только для записи.