Галочка "сохранение размера слоев" даёт вам возможность выбрать какого размера будет слой в композиции в After Effects. То есть будет ли слой занимать всё пространство композиции (галочка снята) или слой будет ограничиваться размером графики (галочка стоит).
Покажите слои вашего AI файла.