Для чего вам именно консольная программа, если вам не нужна консоль?
1. Напишите программу, котрая не будет создавать ни консольное ни гуишное окно, можете добавить иконку в трей, в которой сделать завершение работы и все.
2. Напишите сервис, который будет запускаться в фоне, и два ярлыка, которые будут его останавливать и запускать.
То есть не очень понятно почему вам нужно, чтобы в фоне висело именно консольное приложение - при помощи winapi даже консольное приложение запускает консоль, с соответствующими контролами для управления консолью.