Можно прочитать сначала один файл, а потом записать его в итоговый, потом второй файл, и дописать его в итоговый. Можно просто читать файлы по кусочкам и дописывать в итоговый. У QTextStream есть метод чтобы прочитать определённое количество символов, и метод, чтобы проверить, есть ли ещё символы в файле.