Какова должна быть структура шаблона, к примеру есть так что на разных страницах шапка немного разная или футер немного разный, на некоторый одинаковый как построить структуру?
Посмотрите как это реализовано у профессиональных разработчиков, на пример https://github.com/CSSSR/csssr-project-template
Ну и поищите на гитхабе другие бойлерплейты, большинство вопросов отпадёт. Да и просто взглянуть на решения различных разработчиков всегда полезно.
Освойте БЭМ (ничего лучше для верстки пока не придумали), после у вас будет разделение верстки на блоки, повторяющиеся блоки (шапка,футер) выносите в миксин и просто вызывайте на страницах, пример можно посмотреть тут.
