Если у Вас таблицы находятся в разных БД, как у меня то перед таблицей комментариев, следует указать название Базы данных
"db_name"
News::find()->where(['news.visibility'=>1])
->innerJoin(['nc' => 'db_name' . NewsComments::tableName()], 'nc.news_id = news.id')
->groupBy('news.id')
->orderBy('COUNT(nc.id) DESC, news.date DESC');
На локалке этот вариант работает, на хостинге нет, пишет:
command denied to user 'u670329544_test2'@'10.2.1.31' for table 'brk_comments'
Буду разбираться, еще раз спасибо
Abdula Magomedov