У апача нет с этим проблем
разделение идет не по IP (ну если вы этого принудитлеьно не захотели)
А по заголовку
По сути на одном порту и одном айпи может висеть любое количество сайтво и это никак не помешает апачу.
Просто создавайте конфиги в виртуал хосте указывайте имя сайта а не его айпи.
Этого будет достаточно.
<Directory /var/www/site2.ru>
</Directory>
<VirtualHost site.ru:80>
.......