Потому что обработчик клика не вызывается. А не вызывается он потому, что прицепить вы его попытались к несуществующему элементу - изначально у
.wrap нет класса
done, так что результат вызова
$('.wrap.done') окажется пустым.
Можно вешать делегированный обработчик:
$(document).on('click', '.wrap.done', function() {
$('.form, .wrap').removeClass('done');
});
Или, немного подумав, можно сообразить, что в отсутствие класса
done элемент
.wrap не виден, кликать некуда, так что неважно, есть класс или нет - можно цеплять обработчик клика просто к
.wrap.