Надо при регистрации сделать проверку почтового ящика при помощи посылания письма с кодом, на email который указал пользователь, потом этот код надо ввести на сайте и таким образом подтвердить email. Если знаете получше вариант, то скажите, пожалуйста.
При регистрации перед отправкой письма создаёте запись в каким то authKey, который пишите и в базу и в письмо.
После ввода проверяете authKey, есть ли он в базе. Если есть то мыло считается правильным. В чём вопрос то?