А в конечной базе (в которую переносите данные) кодировка (сопоставление) таблиц/столбцов совпадает с той базой из которой данные Вы пытаетесь перенести?
P.S. Настоятельно рекомендую Вам использовать InnoDB (или его аналог) в качестве основного движка (типа) таблиц и кодировку utf8_general_ci (ну или какую-то другую вариацию UTF-8, на Ваш вкус), если конечно Вы не пытаетесь выжать из базы "последние соки" по части производительности, в ущерб стабильности и потенциально меньшего кол-ва всякой ерунды, связанной с кодировками.