Зависит от того как сильно нравится возиться с шаблонами.
Их у стандартной темы почти 150 штук, и почти в каждой есть теги с классами, которые нужно будет переписывать на свои, при этом, местами, нужно оставлять классы Woocommerce для нормальной работы скриптов.
Варианта два: верстать классами Woocommerce и обойтись css и funсtions.php или сверстать как привык, и потом нужные файлы Woocommerce копировать в папку темы и работать над ними (только те, которые надо изменить). При этом, если верстка по БЭМ, например, то редактировать нужно будет прилично.
Я бы посоветовал поставить WP, поставить WC и попробовать из любой старой верстки сделать тему.
