После установки в composer.json строка с версией стоит такая "yiisoft/yii2": "~2.0.6"
Это строка означает что composer будет УСТАНАВЛИВАТЬ самую последнюю версию пакета до версии 2.1. (не включительно). Она некоим образом не говорит о УСТАНОВЛЕННОЙ в текущий момент версии
Если Вы хотите посмотреть список установленных пакетов в текущий момент и их версии используйте команду
composer show -i