pthread - это POSIX библиотека, т.е. никсовая. В винде она как дополнительная абстракция над родным интерфейсом идет в составе mingw или cygwin.
В винде есть свои потоки, WinAPI с MSDN вам в помощь.
Если очень надо или нужно кросплатформенное средство, то можно и pthread использовать, но для этого действительно проще пересесть на другую IDE. Например Eclipse + mingw.
А для кроссплатформенности лучше использовать что-нибудь типа boost или Qt - и там и там есть свои кроссплатформенные реализации потоков. При этом в никсах они будут использовать pthread, а в винде - виндовые потоки и вам не придется вникать в тонкости реализации потоков в WinAPI или pthread, вникните только в тонкости boost или Qt.