В Sublime Text 3 можно провернуть.
В настройках указываем что по умолчанию использовать
UTF-8 with BOM
При создании нового файла по умолчанию будет выставлена эта кодировка
Вставляем в этот файлик текст с "плохой" кодировкой и сохраняем. По идее должно сохранится без BOM