Понятно, что в общем случае этого сделать нельзя. Если есть исходные строки "aaabbb" и "aaaccc", и есть обрезок "aaa", то понять, что было в оригинале не получится.
Но если обрезанные названия курсов не дублируются, то проблем нет:
UPDATE t1
JOIN t2 ON t1.course_name = LEFT(t2.name, LENGTH(t1.course_name))
SET t1.course_id = t2.id;