А руками сделать нее судьба?
просто перед этим "большим" запросом выполните
mysql_query(" SET OPTION SQL_BIG_SELECTS = 1 " ) or die("WTF?" . mysql_error());
а лучше
mysql_query(" SET SQL_BIG_SELECTS = 1 " ) or die("WTF?" . mysql_error());
... ну это если PHP, очевидно.
Но, непонятно при чем тут ISPManager? Речь идет только о запросах MySQL.
Попробуйте пересобрать SELECT.
JOIN используете?